全基因组Survey-威尼·至尊国际(中国)-DNA测序

基因组survey

基因组Survey—全面分析物种基因组特征

基因组Survey基于小片段文库的低深度测序数据，顺利获得K-mer分析，从而有效的评估基因组大小、GC含量、杂合度以及重复序列含量等信息，是全面分析某一物种基因组特征的有效方法，为后续的全基因组 de novo 测序组装策略的制定给予理论依据。

诺禾优势

3.分析全面

测序深度为50×，基于小片段数据，顺利获得K-mer分析，预估物种基因组大小，并对物种基因组，重复序列情况进行分析。对基因组进行初步组装，进行GC含量和外源污染分析。

常见问题

2.Survey是评估基因组的有效手段，对于没有参考基因组的物种，在启动de novo 项目之前，对基因组特征评估是十分必要的，基因组大小及复杂状况直接影响到项目价格，周期以及后续的组装策略等。 Survey评估和流式细胞仪评估有什么区别？
- 两者都可以对基因组的大小进行评估，Survey评估中的K-mer分析是从数学角度上进行分析的，得到的信息更为全面和准确。而流式则是顺利获得实验的手段，主要顺利获得已知内参物种基因组大小来评估被测物种的基因组大小。由于内参选择不同，实验预估基因组大小与实际会有一些偏差。

3.做了基因组Survey是否就一定不用做流式了呢？
- 不是。我们一般建议老师在做Survey之前先做一下流式对基因组大小有个初步的预估。原因如下：K-mer分析中，我们把K-mer分布最多的峰为主峰，主峰前的1/2的峰称为杂合峰，把主峰后2倍的位置的峰称为重复峰。若出现主峰判断不清的时候，一般可以结合流式的结果来对我们的判断进行验证。

4.K-mer分析时，为何选的K-mer长度不一样？
- 一般来说，用来预估基因组大小的k-mer我们选取17-mer，其原因是ATCG四种不同的碱基若组成长度为17的核苷酸片段，在经过不同的排列组合可出现417种可能性，也就是17G足以覆盖一般的正常基因组；如果选择15的话，则只有415，只有1G的可能，对于正常的基因组可能覆盖度不够。导致估计不准确，当然对于较大的基因组（>15G），我们会尝试采用19-mer进行评估。由于Reads上存在错误碱基，K-mer并非越大越好，若K-mer选择的越大，则包含这个错误位点的K-mer的个数就会越多。另外为了避免回文序列，K-mer分析选择K长度均为奇数。而对于高重复的重复，我们通常会选择一些长度较长的K-mer，这是因为较大的K-mer能够跨过一些高重复区域，对于组装具有较好的结果。

拓展材料